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【DS应用实例】达索系统Blog发布:Student Spotlight: Alex
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Mod/Sim:“This is the Way” for Alexandre Cabayé

BIOVIA科学委员会致力于推动生命和材料科学领域的最高水平的科学研究和创新,达索为其服务的行业Systèmes。例如,BIOVIA的科学家目前正在与世界各地的科学界合作,以更深入地了解SARS-CoV-2病毒。

 

科学委员会还支持世界各地顶尖学术机构的学生科学家。这个新的博客系列将重点介绍这些学生。他们是谁?他们在研究什么?他们为什么选择他们的项目?探索他们不在实验室时是如何打发时间的也可能很有趣。

 

我们从Alexandre Cabayé开始,他是一位BIOVIA工业流程和科学顾问,总部位于巴黎郊区Vélizy-Villacoublay的达索Systèmes。Alexandre也是巴黎大学UMR8601 CNRS的博士生。

 

Exploring Therapies for Central Nervous System Diseases

Alexandre于2015年获得巴黎狄德罗大学(Paris Diderot University, Paris 7)药物设计理学硕士学位。随后,他加入了巴黎笛卡尔大学(Paris Descartes University) Francine Acher博士的团队(Paris 5),在那里他研究了针对谷氨酸代谢受体(mGluRs)细胞外结构域的配体。这些受体是中枢神经系统疾病的潜在靶点。通过虚拟模拟选择性地调节它们的活动,为治疗帕金森病、癫痫、自闭症、精神分裂症和其他疾病提供了强大的治疗潜力。

Figure 1: Full length model of mGlu2 receptor embedded in a lipid bi-layer membrane and solvated. This is the starting point of the molecular dynamics simulations carried for hundreds of nano-seconds. Here we see that the protein is a dimer, composed of a large extra-cellular domain called “Venus Flytrap Domain” (VFD), linked by a thin but rigid “Cystein Rich Domain” (CRD) to the “Transmembrane Domain” (TMD), composed of 7 helices.

 

亚历山大说:“这个项目吸引了我,因为它与许多神经系统疾病有关,而且我的家人也被诊断出患有神经系统疾病,所以我很担心。”建模和模拟方法吸引了我,因为它允许科学家观察其他技术不允许的现象。计算方法也允许科学家探索更多的可能性,而不仅仅是实验。

 

我处于研究和开发过程的中间;因此,我可以建议化学家合成新的化合物,并与生物学家讨论测试这些新化合物的最有效的方法。我得说,这是一个很有价值的职位。

 

自2018年以分子建模工程师的身份加入达索Systèmes以来,Alexandre一直在评估用于自己研究的新仿真方法,同时也帮助将这些新工具集成到BIOVIA Discovery Studio建模和仿真环境中。他还继续在巴黎大学完成他的博士论文。Hugues-Olivier Bertrand博士和Anne Goupil博士都是BIOVIA科学委员会的成员,也是他的两位博士导师。Alexandre与BIOVIA科学委员会和Acher实验室合作设计和执行实验,并协助撰写了许多科学论文,包括Asc-1Transporter (SLC7A10):Homology Models and Molecular Dynamics Insights into the First Steps of Transport Mechanism(2020年2月)。

 

Alexandre还撰写了另一篇论文(由Acher博士和BIOVIA科学委员会成员共同撰写),论述了针对III类代谢性谷氨酸受体的亚型选择性正位激动剂的合理设计(2019年,见下文)。在这里,作者使用建模和模拟来创建治疗帕金森病的候选药物。mod/sim帮助他们理解他们的药物如何以及为什么起作用,帮助指导他们优化当前的候选药物收集并创造新的候选药物。

 

一项CIFRE奖学金(代表研究组织工业大会)部分资助了亚历山大的研究。法国高等教育和研究部在公私合作的框架下赞助了这个博士培训项目。自1981年该项目启动以来,已有2万多名博士生受益于CIFRE奖学金,亚历山大是其中之一。

 

当他不在实验室的时候,亚历山大总能找到其他的事情做。作为一个巴黎人,我很幸运生活在一个总是有新的和有趣的博物馆展览的城市,所以我偶尔会去参观。当有时间放寒假的时候,我喜欢去法国的阿尔卑斯山滑雪,我喜欢那里的山,那里的斜坡简直让人疯狂!

Figure 2: Monitoring the angle between two Venus Flytrap Domains to understand state of the receptor during molecular dynamics simulations. Other metrics permit the collection of more information about the different domain states

 

当被问及BIOVIA如何帮助他的项目时,Alexandre指出了BIOVIA软件的广泛功能。Discovery Studio是我的日常工具,如果没有它,我不可能完成如此雄心勃勃的项目。它允许我建立和模拟3D模型,以及执行一些基本的分析。当我需要更复杂的分析时,我使用BIOVIA Pipeline Pilot来构建协议,从而节省宝贵的时间。

 

本文翻译自Dassault Systèmes Bolg, 点击下方“阅读原文” ,访问原文英文链接。

 

公司简介:

北京泰科博思科技有限公司(Beijing Tech-Box S&T Co. Ltd.)成立于2007年,是国内领先的分子模拟及虚拟仿真综合解决方案提供商。

 

北京泰科博思科技有限公司与国际领先的模拟软件厂商、开发团队深入合作,为高校、科研院所和企业在材料、化工、药物、生命科学、环境、人工智能及数据挖掘、虚拟仿真教学等领域提供专业的整体解决方案。用户根据需要在我们的平台上高效的进行各种模拟实验,指导实际的生产设计。

 

北京泰科博思科技有限公司拥有一支一流的技术服务团队和资深的专家咨询团队,以客户真正需求出发,服务客户,为客户创造价值。我们秉承“职业、敬业、担当、拼搏、合作”的企业精神,致力于用国际领先的软件产品和专业全面的技术支持服务,成为客户可信赖的合作伙伴。 

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