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药物研发
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【DS应用实例】达索系统Blog发布:Student Spotlight: Alex
When I think about virtual approaches to life science research, all I can say is — This is the way!
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【DS应用实例】达索系统Jodi Shaulsky与C4 Therapeutics药物公司的成果展示: 目标蛋白质降解
生物蛋白的应用:基于Discovery Studio程序包对蛋白质的降解
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【DS应用实例】河南大学/内蒙古医科大学陈卫东教授等人成果展示:新型FXR受体兴奋剂的药效团建模和虚拟筛选研究
本文利用Discovery Studio程序包实现基于配体的药效团的生成和药效团建模,实现新型FXR受体兴奋剂的筛选研究
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天津大学工业结晶中心陈巍副教授最新研究:基于COSMO-RS方法进行高效共晶配体筛选—吡蚜酮多组分晶体的设计案例
使用COSMO-RS方法和分子互补性(MC)方法做为组合判据,显著提高共晶配体的筛选效率。
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COSMOLOGIC在药物设计领域的解决方案
现代药物设计过程包括基于计算方法发现、研究和修饰生物活性分子。计算机辅助药物设计减少了药物设计周期中的迭代次数,并加快发明和优化过程。此外,它还提供了药物设计过程中发现更新颖的小分子结构的潜力。由于它基于量子化学,因此COSMOlogic软件可广泛应用于整个有机化学领域。用户可以将其应用于截然不同的新颖化学领域。COSMOsim3D和COSMOsar3D使用本地σ-profiles作为描述符。σ-profiles是从量子化学计算得出,描述分子电子表面的特性,而不是化学结构。因此,它们自然允许支架跳跃和寻找活性类似物。本地σ-profiles提供有关以下信息:●静电势●氢键能●疏水相互作用●形状排列和活性相似体搜索使用基于量子化学的分子表面极性,COSMOsim3D是独特的、稳定的基于场的配体-配体比对的方法。COSMOsim3D相似性是配体相似性的有力描述。因此能够在生物等排体和随机对之间进行良好的区分,并允许支架跳跃和寻找活性类似物。ExampleforbioisosterscreeningwithCOSMOsim3D(PDF)3D-QSAR局部σ-profiles阵列是一组新颖的分子相互作用场。他们提供了量化虚拟配体-受体相互作用(包括去溶剂化)所需的所有信息。这导致3D-QSAR研究的预测准确性提高,并且在网格步长、网格定位和随机未对准方面具有出色的稳定性。ExampleforthepredictivityofaCOSMOsar3Dbased3D-QSARincomparisontoothermethodsontheSutherlanddataset.(PDF)ADME属性COSMOtherm或COSMOquick中,分子描述符可从表面极性信息和结构参数中得出。用户可以基于这些有明确物理意义的描述符来构建自己的QSAR模型。许多此类ADME模型可直接使用。
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COSMOLOGIC在药物研发领域的解决方案
药物开发是一种开发新的药物有效成分的高效合成、纯化和结晶方法的艺术,该方法的局限性在于仅具有少量且极其昂贵的可用物质,并且面专利时钟的时间压力。在这种情况下,计算筛选可能会非常有益。共晶筛选通过API的共晶来优化药物性能和规避专利已成为药物开发的重要分支。COSMOquick工具提供了一种快速的工具,根据给定API的共晶可能性对潜在的共晶形成物的庞大列表进行排序,并且还可以对所得的溶解度进行粗略估算。溶解度筛选溶解度通过药物释放过程中的溶解作用影响结晶、共晶体或溶剂化物的形成,以及药代动力学。使用COSMOtherm,可以预测纯化合物、共晶体和混合物在几乎无限范围的溶剂和溶剂混合物中的溶解度。优化溶剂以进行萃取或下油加工是COSMOtherm的关键应用之一。相平衡COSMOtherm提供了广泛的方法来解决液相、气相和固相之间的相平衡问题。用户甚至可以以简单明了的方式为复杂的任务建模。萃取和纯化只是两个潜在的应用。反应将TURBOMOLE的高级量子化学方法与COSMOtherm的溶剂化自由能预测相结合,研究反应机理。可以以半定量的方式预测平衡常数、甚至动力学常数。使用这种方法可以轻松选择反应的最佳溶剂。 在我们的反应白皮书中了解更多信息WhitePaperonreactions。
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