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计算模拟综合解决方案提供商
Amber
Amber—分子模拟软件包
Amber力场是一套生物分子模拟的分子力场。Amber分子模拟软件包，由AmberTools和Amber组成，Amber是一个多个程序的集合包，大约包含60多个程序，每个程序之间可以很好的相互协调。Amber实行高效的并行计算，可以很好的处理大分子、有机物分子、隐（显）式溶剂模型，在生物、化工领域有广泛的应用。
主要功能：
● 经典分子动力学模拟。
● 包括Quantum Mechanics/Molecular Mechanics（QM/MM）。
● 支持particle-mesh Ewald（PME）算法的显式溶剂模型，与generalized Born、Poisson-Boltzmann方法的隐式溶剂模型。
● 结构与轨迹文件分析。
● 用于生物分子模拟的力场（核酸、蛋白质、碳水化合物和有机物分子）。
● 支持并行动力学计算。
● 自由能计算（MM/PBSA等）。
主要程序
01
NAB/sff
该程序可以构建分子结构，使用generalized Born、Poisson-
Boltzmann或3D-RISM隐式溶剂模型运行MD或应用距离几何约束。
02
Antechamber与MCPB
创建用于一般有机分子和金属中心的力场的程序。
03
tleap和parmed
Amber模拟的基本准备工具。
04
sqm
半经验和DFTB量子化学程序。
05
pbsa
对Poisson-Boltzmann模型进行数值解。
06
3D-RISM
求解积分方程模型以进行溶剂化。
07
sander
用于分子动力学模拟的主要程序。
08
gem.pmemd
使用高级力场的工具。
09
mdgx
主要通过参数拟合来突破Amber MD界限的程序。还包括可自定义的虚拟站点和显式的溶剂MD功能。
10
cpptraj与pytraj
分析轨迹结构和动力学的工具。
11
MMPBSA.py
基于能量的MD轨迹分析。
