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Discovery Studio 2024,开启你的药物设计之旅!

Discovery Studio 2024,开启你的药物设计之旅!

作者:
北京泰科
2023/12/14
浏览量
【摘要】:
增强新功能上线

新功能:

药效团

(1)PharmaDB Profiler协议报告每个独特功能的映射详细信息;

(2)PharmaDB Filter协议可以使用pdb_id或scpdb_id进行过滤;

 

客户端

核酸链的主链可以在Discovery Studio客户端中通过残基进行着色;

 

增强功能:

(1)Perl脚本语言升级到5.36.0;

 

(2)通过残基对核酸主链进行着色;

 

(3)药效团理论的帮助信息现在包括,提供有关形状评分和药效团特征特性的详细信息;

 

(4)动力学(Production)、动力学(NAMD)、GaMD平衡和GaMD Production协议进行了更新,包括改进的参数验证,以及对时间步长参数的修改,缩小选择范围到特定范围内的离散增量;

 

(5)提前安装Pipeline Pilot 2024;

 

(6)改进了Align Sequence Profiles(Align 123)协议中Use Secondary Structure参数的帮助文本,并在选择DSC或TRANSMEM二级结构进行对齐时,如果没有提供正确的二级结构输入,则增加了错误处理信息;

 

(7)以下协议不能从Discovery Studio客户端访问:更新抗体数据库、下载BLAST DB文件、更新BLAST数据库、构建PDB引用数据和自定义Discovery Studio模板。只能从Pipeline Pilot Professional客户端访问;

 

(8)Intel MPI升级到2021.10;

 

(9)Qt Windows库更新到5.15.14版本,以解决安全漏洞;

 

(10)PharmaDB Profiler协议报告每个唯一函数的映射详细信息,PharmaDB Filter协议支持使用pdb_id和scpdb_id进行过滤;

 

修补功能:

(1)当平台参数设置为GPU时,Dock Proteins(ZDOCK)协议在Windows上不再失败;

 

(2)从默认值修改Tolerance参数后,Create 3D Fingerprint协议不再失败;

 

(3)使用指定为快捷路径的重新启动文件从Pipeline Pilot Professional客户端运行时,Dynamics(生产)和Dynamics(平衡)协议不再失败;

 

(4)分配力场协议不再为相应力场RTF中具有两个字母元素符号的原子生成不正确的原子排序;

 

(5)分配力场协议使用力场数据更新结构;

 

(6)Discovery Studio客户端中的PDB Ligand Bond Orders脚本可以正常工作;

 

(7)如果叠加算法无法收敛,测量轨迹特征、自由能预测和簇一致性协议会产生错误,修改原子选择或参考构象可以解决此错误;

 

(8)作业描述参数将从MATCH协议的分配力字段和类型配体中删除。这不会影响协议的功能;

 

(9)Predict Humanization Mutations协议将查询序列的名称包含在最终消息中;

 

(10)2023 SP1的新主题和产品发布文档中的一个条目错误地说明了RCSB结构搜索协议使用的最新更新的残基数据库中的残基数量。先前版本部分中的相关条目已修复,以指示正确的数字40322;

 

(11)删除了在Discovery Studio客户端中导入协议的功能,以解决安全漏洞。您可以使用Pipeline Pilot Professional客户端将协议导入服务器;

 

(12)Perl脚本示例代码,MarkSideChainFormationViolations,按预期在Linux操作系统上的Discovery Studio客户端上运行;

 

(13)重新启动模拟后,动力学(Production)协议现在可以正确报告进度;

 

(14)在MSLD Bias Optimization and Production协议中,当Use BLaDE参数设置为False时,可以将“Number of Cores per Simulation”参数设置为1;

 

(15)“打开URL”对话框中的Discovery Studio客户端PDB配体默认位点定义不再受RCSB支持,并且已从默认URL位置首选项中删除。但是,如果从早期版本的Discovery Studio导入了首选项,则此选项仍可能出现。您可以在Edit >Preferences>Files Explorer>“URL位置”页面中删除它们;

 

(16)Discovery Studio客户端显示“增强的采样”工具面板;

 

(17)Discovery Studio客户端中显示了大分子偶极矩监测器的标签;

 

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