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COSMOlogic 2023新功能!

COSMOlogic 2023新功能!

作者:
北京泰科
2022/12/14
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【摘要】:
BIOVIA COSMOtherm 2023是预测流体性质的通用工具。

关键技术要点:

• BIOVIA COSMOtherm 2023是预测流体性质的通用工具。

 

• BIOVIA COSMOtherm 2023包括附加模块COSMOplex和COSMOperm,通过license文件激活,license文件条目为BIOVIA COSMOplex&perm。

 

• BIOVIA COSMOtherm 2023作为BIOVIA Pipeline Pilot附加模块包含在Pipeline Pilot Solvation Chemistry Collection中,允许在BIOVIA Pipeline Pilot中进行COSMOtherm计算。Pipeline Pilot Solvation Chemistry Collection是一个单独的安装程序包,安装于BIOVIA Pipeline Pilot服务器端。请注意,BIOVIA Academic COSMO Suite中不包含Pipeline Pilot Solvation Chemistry Collection。

 

新功能:

◆ 在Pipeline Pilot中作为Pipeline Pilot Solvation Chemistry一部分使用BIOVIA COSMOtherm,增强了BIOVIA COSMOtherm在晶习(晶体形貌)研究中溶剂影响预测及溶剂筛选能力。

 

◆ 预测电解质系统的热力学性质:新版本提供了针对电解质系统的特殊参数集COSMO-RS-ELYTE/COSMO-RS-ELYTE参数集更好地预测质子溶剂类的电解质系统性质,包括硬核小离子(如碱金属原子离子)。

 

◆ 预测更高质量的固体溶解度:基于新型随机森林/梯度增强机器学习模型(Random-Forest/Gradient Boosting),BIOVIA COSMOtherm 2023的所有计算精度级别(level)支持熔点(Tmelt)和融合焓(Hfus)性质预测。COSMOtherm 2023的命令行和UI作业中实时预测温度相关熔融吉布斯自由能(Gfus(T))。

 

◆ 在命令行COSMOtherm和UI COSMOthermX中计算温度相关的传输特性:扩散系数、液体导热系数和粘度。

 

增强功能:

(1) 在COSMOthermX中,增加了用于传输特性计算面板块:液体导热系数(LTC选项)和扩散系数(DIFFCOEFF选项)。修订了粘度计算面板(Viscosity选项)中COSMOtherm 2019版中引入的粘度QSPR模型。在COSMOthermX UI“化合物属性”和COSMObase和COSMObaseEditor中启用了LTC计算中使用的实验纯化合物粘度的输入。

 

(2) 在COSMOthermX图形用户界面中启用了温度相关密度预测模型QSPR参数的输入功能。

 

(3) COSMOthermX中增加了混合物密度预测功能模块。

 

(4) 在COSMOtherm命令行求解器中,在所有属性计算中启用了体积分数单位浓度的输入和输出。表文件中的体积分数输出由新关键字pr_phi触发,使用关键字phi输入体积分数。体积分数由给定温度下化合物的液体摩尔体积计算。如果有可用的实验密度数据,则用实验数据;如果没有可用实验密度数据,COSMOtherm将使用密度预测QSPR模型预测液体摩尔体积。

 

(5) COSMOthermX中的三相LLE相图进行了重构和增强。

 

(6) 增强型COSMOmic和COSMOperm 3D Viewer可以显示不同胶束或膜深度中完整构象集的方向。早期版本中,只提供了第一个conformer的方向,这不一定是正确的解决方案。

 

(7) COSMO-RS状态方程(EOS)扩展功能在COSMOthermX GUI中应用到可压缩液体和真实气体系统,直至临界点的以下属性:密度ρ(T,x)(密度选项)、蒸汽压pvap(T,x)(pvap选项)、亨利常数和溶剂化自由能(Henry/GSOLV选项)、二元相图计算(汽液/液液/固液(BINARY/LLE/SLE选项))。

 

(8) 图形用户界面COSMOthermX、COSMOquick、COSMOconfX和TMoleX中使用的Java“Look and Feel”Synthetica已更新到V3版本。

 

(9) 增强了sigma矩和原子sigma矩的文件输出和表输出的可用性。使用LONGTAB选项可以获得长数字格式的.mom和.moma文件。

 

(10) 考虑液相和气相中Grimme D3色散能的贡献,增强了混合物性质计算功能,关键字组合CTAB WCONF。如果可以从cosmo或能量文件中获得,或者如果当前使用了BPTZVPD-FINE级别参数,则将色散能量输出到CTAB WCONF表输出的conformer属性子表中的其他列。

 

(11) COSMOtherm命令行求解器中启用了离子的共晶筛选选项。COCRYSTAL和IGNORE_CHARGE关键字的组合允许计算带电物种的共晶体描述符。由于所实现的COCRYSTAL描述符不适用于离子,如果它与离子API或配体一起使用,将触发额外的警告消息。

 

(12) COSMOthermX的混合物面板中增加了“Add All Pure”功能键,该功能允许一键输入所有纯化合物的简单混合物计算作业列表。

 

(13) COSMOthermX UI中的二元固液平衡(binary SLE)相图计算的图形绘图功能,如果系统中存在共晶点,则会自动对共晶点进行输出。此信息以前仅写入UI图形窗口,但现在也可以导出到Excel。

 

(14) COSMOthermX中的“ New Molecule ”工作流不允许在作业仍在运行时提取数据。一个新的消息框“ 请注意,只有已完成的作业才能添加到数据库或化合物列表中 ”使这种行为更加明确,如果用户试图将正在运行的作业中的分子添加到数据库中,则会出现该消息框。

 

(15) MCOS文件(MCSE)的一致性加权选项现在可以与外部量子化学能量输入(UQMG)选项的一致性权重相结合。

 

(16) Solvation Chemistry Pipeline Pilot Collection中COSMOtherm混合物组分定义用户体验进一步增强。现在,作为“Property Options”中阶段定义的基于文本的$PHASE输入的替代,可以为phase定义参数设置。在这种情况下,自动设置phase定义关键字,进一步简化了COSMOtherm的phase筛选作业的输入。

 

(17) 作为Pipeline Pilot中形态学溶剂筛选工作流程的一部分,Pipeline Pilot Solvation Chemistry Collection添加了一个协议(protocol),该协议使用COSMOtherm计算给定一组晶体表面和一组溶剂的活性系数。

 

(18) 作为Pipeline Pilot中形态学溶剂筛选工作流程的一部分,Pipeline Pilot Solvation Chemistry Collection添加了两个协议(protocol),分别计算给定晶体结构的形态学,以及应用Pipeline Pilot Materials Studio Collection中DMol3协议(protocol)和Growth Morphology计算周期性晶体表面COSMO文件。

 

(19) 作为Pipeline Pilot中形态学溶剂筛选工作流程的一部分,在Pipeline Pilot Solvation Chemistry Collection添加了一个协议(protocol),该协议使用层次聚类法(Hierarchical Clustering)分析给定溶剂组中的晶体表面活度系数。

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