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DISCOVERY STUDIO®2022新版本!

DISCOVERY STUDIO®2022新版本!

作者:
北京泰科
2022/06/08
浏览量
【摘要】:
作为2022年BIOVIA产品发布系列的一部分,Discovery Studio 2022继续提供生物治疗、仿真和小分子研究领域的科学新进展。

传递新科学:

分子模拟对于建模和理解复杂的生物分子系统至关重要。Discovery Studio®的最新版本包括抗体-赋形剂相互作用预测,以增强生物疗法的配方。基于BIOVIA Pipeline Pilot™, Discovery Studio®被定位为生命科学研究中最全面的协作建模和仿真的应用程序。

 

DISCOVERY STUDIO 2022:

作为2022年BIOVIA产品发布系列的一部分,Discovery Studio 2022继续提供生物治疗、仿真和小分子研究领域的科学新进展。

 

新的和增强的功能:

新功能!辅料相互作用预测

(1) 一个新的Protocol,预测赋形剂相互作用,预测抗体配方中常见赋形剂与抗体表面残基优先相互作用1

(2) 分子动力学模拟生成的支持向量机(Support Vector Machine)和弹性网络(Elastic Net)机器学习模型,预测6种配方辅料的分子相互作用,包括山梨醇、蔗糖、海藻糖、脯氨酸、精氨酸·HCl和NaCl。

(3) 用Γ23值(优先相互作用系数)着色的蛋白质表面显示局部赋形剂分子与局部水分子的相互作用。

(4) 与现有的聚合和粘度预测工具一起使用,使得配方设计能够在开发过程的早期进行。

图1:红色的正值表示较高的Γ23值,对应于更多的局部赋形剂分子与抗体的相互作用,而蓝色的负值对应于更多的局部水分子与抗体的相互作用。

 

新功能!描述符生成组件

(1) 计算蛋白质特征和序列描述符组件计算用于机器学习的基于结构和序列的描述符。

(2) 新的脚本API支持标准和专用功能计算,例如,特定残留物类型的特定原子间距离。

 

增强功能!蛋白质建模

(1) 计算蛋白质配方属性的protocol自动创建聚合位点和表面,以便使用View Aggregation Sites工具进行分析。

(2) Charge Map中的正电荷和负电荷区域可作为Site group操作。

(3) 添加到RCSB结构搜索Protocol中的配体子结构搜索查询,以及RCSB服务器中的所有可用匹配类型。

图2:查看聚合位点的详细信息。

 

增强功能!增强模拟功能

(1) 减少了大型溶剂化系统模拟时的内存消耗。

(2) Assign Forcefield Protocol基于用户RTF文件可用于RNA和DNA模板。

 

增强功能!增强的各种药效团模型

(1) Interaction Pharmacophore Generation Protocol中支持的核酸。

(2) Interaction Pharmacophore Generation Protocol建立具有50个以上非键相互作用的受体-配体复合物的药效团模型。

(3) Ligand Profiler protocol包括一个选项,可以在选择最佳匹配时最大化特征数量或最大化药效团匹配。

(4) Screen Library protocol包括一个选项,即仅报告每个分子的最高拟合药效团。

图3:核酸相互作用药效团。

 

增强功能!增强客户端功能

(1) 根据URL访问AlphaFold蛋白质结构数据库。

(2) 根据每个残基的置信度得分,从AlphaFold蛋白质结构数据库中对蛋白质进行着色。

(3) 无需对齐,计算RMSD和相似性属性。

(4) 无需激活服务器,分析报表。

图4:AlphaFold蛋白质结构数据库中的一种蛋白质,用每残基置信度得分着色。

 

CHARMm:包含学术版CHARMm,版本c44b22。

NAMD:CPU和GPU,版本2.13。

MODELER:包含最新版本的学术版 MODELER,版本 9.243。

BLAST+:BLAST+版本2.10.1。

GOLD:支持2021GOLD。

 

兼容性:

Discovery Studio 2022基于BIOVIA Pipeline Pilot 2022构建。

 

REFERENCES:

(1) Cloutier T. K., Sudrik C., Mody N., Sathish H. A., Trout B. L., Molecular Pharmaceutics, 2020, 17, 3589-3599.

(2) Brooks B. R., Brooks III C. L., Mackerell A. D., Karplus M., et al, J. Comp. Chem., 2009, 30, 1545-1615.

(3) Eswar N., Marti-Renom M. A. Webb B., Madhusudhan M. S., Eramian D., Shen M., Pieper U., Sali A., Current Protocols in Bioinformatics, John Wiley & Sons, Inc., 2006, Supplement 15, 5.6.1-5.6.30.

 

公司简介:

北京泰科博思科技有限公司(Beijing Tech-Box S&T Co. Ltd.)成立于2007年,是国内领先的分子模拟及虚拟仿真综合解决方案提供商。

 

北京泰科博思科技有限公司与国际领先的模拟软件厂商、开发团队深入合作,为高校、科研院所和企业在材料、化工、药物、环境、生命科学、人工智能及数据挖掘、虚拟仿真教学等领域提供专业的整体解决方案。用户根据需要在我们的平台上高效的进行各种模拟实验指导实际的生产设计。

 

北京泰科博思科技有限公司拥有一支一流的技术服务团队和资深的专家咨询团队,以客户真正需求出发,服务客户,为客户创造价值。我们秉承“职业、敬业、担当、拼搏、合作”的企业精神,致力于用国际领先的软件产品和专业全面的技术支持服务,成为客户可信赖的合作伙伴。

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